La historia de Vandread se centra en un universo en el que hombres y mujeres viven en planetas separados, en constante guerra desde hace anos, al punto que desconocen la posibilidad de coexistencia entre ambos sexos, cosa que ha sido olvidada por el paso del tiempo, y desconocida por generaciones en estos dos planetas, Tarak (el planeta de los hombres) y Mejerk (el planeta de las mujeres). La trama se centra en Hibiki, un joven de Tarak que en su afan por demostrar su hombria, es tomado prisionero durante un enfrentamiento junto a dos hombres mas por un grupo de mujeres pirata y muestra las vivencias de estos en una nave repleta de mujeres...