Suzumiya Haruhi no Yūutsu trata de la vida de la estudiante de secundaria superior Haruhi Suzumiya y de aquellos que quedan atrapados en sus locuras. Aunque Haruhi es el personaje central, la historia es contada desde el punto de vista de Kyon, uno de sus companeros de clase.

Kyon es un estudiante de secundaria superior que recientemente ha dejado atras sus fantasias de sucesos paranormales, viajeros del tiempo, y aliens, junto con la escuela secundaria inferior. Sin embargo, cuando elige hablar con una chica excentrica que responde al nombre de Haruhi Suzumiya el primer dia de clase, intencionalmente desata una cadena de eventos que lo llevan a situaciones enteramente diferentes del mundo real.

Haruhi busca entre todos los clubes de la escuela alguno que le interese, pero tan solo encuentra insatisfaccion en ellos, a pesar de ser buena en practicamente cualquier tarea que se propone. Kyon hace una observacion maliciosa de sus acciones y accidentalmente le da a Haruhi la idea de fundar ella misma un club. Haruhi recluta a Kyon a la fuerza para que la ayude a fundar el club, al que llama Brigada SOS, aunque a el tan solo le interesa proteger a otras victimas indefensas de los "arrestos voluntarios" de Haruhi. Conforme la historia va progresando se revela que cada una de estas supuestas "victimas indefensas" tiene una razon para estar alli.