La protagonista de esta historia es Amu Hinamori, una irreverente jovencita de muy dificil caracter que, al ser constantemente rechazada por sus amigos, desea fervientemente poder convertirse en una persona que todos puedan aceptar. Es entonces cuando entran en escena Miki, Ran y Sue, tres pequenas que, bajo el nombre de Shugo Chara, buscaran hacer realidad los deseos de Amu-chan.