2 nuevos mundos se han fusionado con el mundo humano, la dimension Shin y la dimension Ma, por ello vemos que existen nuevas razas humanoides de aspecto elfico. Rin es un chico que va al instituto, el cual un buen dia se entera que una de las dos nuevas alumnas de su clase se convertira en su esposa. Las dos alumnas son Sia, de la dimension Shin y princesa de esta; y Nerine, de la dimension Ma, tambien princesa de esta. Ademas de encontrarnos con personajes misteriosos, encontraremos en Shuffle una shonen tipico de colegial que se ve envuelto de chicas con la cual no se sabe con quien va a acabar, ademas de pinceladas de magia y mucho fanservice.