Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus companeros de escuela comienzan a recibir extranos correos electronicos postumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una nina de 14 anos a la que se le hace dificil convivir con los demas. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir mas acerca del tema, pidiendole a su padre un nuevo Navi para poder conocer mas acerca de la Wired (que es un sistema de navegacion similar a lo que conocemos por internet)