La historia se desarrolla durante Junio de 1983 en una villa ficticia de nombre Hinamizawa, la cual esta inspirada en una villa llamada Shirakawa, en Gifu. El protagonista, Maebara Keiichi, se muda a esta y se hace amigo de algunas de sus companeras de colegio: Ryuugu Rena, Sonozaki Mion, Furude Rika y Houjo Satoko. Junto a ellas Keiichi se dedica a las actividades del club que tienen despues de clases, que consisten en su mayoria en jugar juegos de mesa y cartas. La villa parece normal y tranquila, aun asi esto cambia despues del festival de Watanagashi, un festival local en el que le agradecen a la deidad local, Oyashiro-sama. Keiichi se entera que en los ultimos cuatro anos ha habido personas desaparecidas, asesinatos, e incluso descuartizamientos... A partir de este momento inicia la historia en todo su esplendor.