La historia se desarrolla en una universidad de Japon y tiene un ritmo bastante acelerado. Cada capitulo muestra una situacion distinta(casi siempre en la habitacion del club). En Japon,que no en espana, son muy populares los clubes universitarios o de la secundaria. Son personas que se agrupan segun sus intereses y desarrollan distintas actividades centradas en su mayor interes. Son subvencionados por la institucion, tienen departamentos propios y demas. Al principio, Sasahara y Kosaka se integran a Genshiken y poco a poco, el primero, se va integrando en el mudillo otaku y convirtiendose en uno mas de grupo, incluso critica a los que van con chica o visten "guay" . Basicamente, la forma de la cultura otaku mas fuerte es el Doujinshi, que es una especie de manga erotico hecho por otakus.