En la historia se muestran las vivencias de dos hermanos alquimistas, que pese al tabu impuesto al respecto, intentaron resucitar a su madre. Esta prohibicion pesa sobre la llamada transmutacion humana, mediante la cual, si se comprende perfectamente el proceso, se puede reconstruir de cero un cuerpo humano, e insertar en el el alma del difunto, u otra creada artificialmente. La alquimia humana se rige, igual que toda alquimia, por el Principio de Intercambio Equivalente: hay que dar algo de un determinado valor para conseguir algo del mismo valor. Sin embargo, para realizar dicha alquimia, se necesitan dos cosas muy preciadas: los conocimientos para llevar a cabo la transmutacion, y la propia alma. Por ambas, hay que pagar. Los hermanos Elric desconocian que el precio seria el cuerpo de Alphonse, el menor, y la pierna izquierda de Edward, el mayor. Tras esto, y en un momento de desesperacion, Ed sacrifico su brazo derecho para recuperar el alma de su hermano y atarla a una armadura. Ed sustituyo los miembros perdidos mediante Automail, y poco despues empezo junto a su hermano a viajar por todo el pais buscando la forma de recuperar la totalidad de sus cuerpos originales. Para ello, Ed acepto la oferta de un oficial del Estado, el Coronel Roy Mustang, para ser parte del ejercito, donde alcanza el rango de Alquimista Nacional, donde se le da el nombre de Alquimista de Acero, lo cual le da mas libertad de movimiento. Su busqueda les lleva por numerosas situaciones, y acaba dirigiendose a la consecucion de un artefacto o sustancia, la Piedra Filosofal, que permite realizar alquimia sin tener en cuenta el Principio de Intercambio Equivalente. A lo largo de su viaje, los hermanos se enfrentaran a varias personas, los cuales algunos de ellos tambien buscan la Piedra Filosofal; Cicatriz, uno de los supervivientes de la guerra de Ishbal que busca vengarse de los alquimistas estatales por la destruccion de su raza, y los homunculos, un grupo criaturas con apariencia humana que tienen la habilidad de regenerarse de cualquier herida.