La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen es miembro de la Organizacion Religiosa Oscura, formada por exorcistas de todo el mundo, la cual esta vinculada al Vaticano. La mision de dicha organizacion es detener al Conde del Milenio (The Millenium Earl), una malvada entidad demoniaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad del mismo modo que lo hizo el Diluvio Universal. Los exorcistas son gente especial, compatible con la llamada Inocencia, una sustancia divina que tiene el poder de ser capaz de combatir a los subditos del Conde: los Akuma. Se dice que hay, exactamente, 109 trozos de Inocencia repartidos por el mundo. Cuando uno de estos trozos de Inocencia encuentra a una persona compatible, puede evolucionar para transformarse en un arma con la que poder luchar contra los Akuma. ¿Podran derrotar Allen y los demas exorcistas al Conde del Milenio y liberar al mundo del terror que el y sus subditos suponen?
