Ha pasado un ano tras el fracaso de la Rebelion Negra encabezada por Zero, el Area 11 ha sido degradada por el Emperador de Britannia a la categoria de Area de Remediacion. Esto ha resultado en la aplicacion de sentencias mas severas de parte del Imperio y el inicio de una profunda represion a los Caballeros Negros, arrestando a varios de sus miembros y cerrando sus operaciones. El Imperio tambien esta en graves tensiones con otras dos de las grandes superpotencias mundiales, los EUU, contra quien ha luchado una larga guerra, y la Federacion China, que a su vez trata de conquistar el Area 11 sin luchar una guerra.Al mismo tiempo, Lelouch parece llevar una vida normal como estudiante y haber olvidado su rebelde pasado como Zero, hasta el dia en que se ve envuelto en un altercado y se reencuentra con la misteriosa mujer C.C. quien le revela su proposito olvidado. Destruyendo a sus enemigos y declarandose como Zero una vez mas, Lelouch se dispone a terminar lo que empezo